自作プログラム紹介（フリーソフト）
Ryus Products (Free Software by Ryuji Miura)

最終更新日 (Last Update at) 2011/9/7 (RYUGA3 and RYUDO)

　ここでは私が作成したプログラムを紹介しています。主に学生時代に自分の研究用に開発したものですが、一部は趣味として現在でも継続中です。基本的に全てフリーソフトとして配布しています（著作権は保持していますが、どなたも無料でご利用になれます）。ご要望・ご質問などは、電子メールで随時お気軽にどうぞ（返信は遅くなることがあります）。

　Here, I will introduce free software developed by me. These are mainly for Molecular Dynamics simulation. If you have some question about these software, please contact by e-mail, but sorry to slow responce :-).

一覧

RYUGA : 分子動力学計算結果視覚化解析プログラム
RYUKI : 分子動力学計算用初期構造作成支援プログラム
RYUDO : 古典分子動力学計算プログラム
RYUED : 簡易テキストエディタ

RYUGA

Ver.2.56 source file set (tgz format)

Ver.2.35a Japanese manual set (tar format)

主な特徴
・RYUDOの他、XDORTO、MXDORTO、 Discover3.1、COLORS、およびADFのログファイル等に対応。

・原子７種類、結合３種類の表示方法：点表示からＣＰＫ、ボール＆スティック表示まで
・画像蓄積による高速精細アニメーション
・X-Window環境ならば、機種を問わず利用可能

一般のUNIXワークステーションほか、 Linux、PANIX、FreeBSDなどのパソコンUNIX環境、 X on Windows等のUNIXエミュレーション環境、 astec-Xなどのパソコン上のXサーバでも動作可能・マウスオペレーションによる直感的な操作
・バーチャルリアリティ機能

３次元マウスへの対応による効果的な操作法の実現、立体画像や音響などの出力、など・グラフとアニメーションの連動
・複数方向の同時表示、複数結果の同時表示
・原子温度の視覚化(ver2.46a～)

更新履歴
2006/4/19(Ver.2.56) : RYUDOのval.rdの書式変更に対応
2004/5/13(Ver.2.55) : バグフィックスのみ
????/??/??(Ver.2.53) : RYUDO Ver.0.50 以降に正式対応
2000/6/21(Ver.2.52b) : AutoPage などで画面右下が欠ける問題を修正、 MXDRTICLの計算結果の読み込みの問題を修正。
1999/12/14(Ver.2.50および2.51) : MXDTRICL（1997年からのバージョン）に対応

Ver.2.50：MXDORTO(10)モードで読み込むと自動対応。ただしうまく識別できない可能性あり。
Ver.2.51：新にMXDTRICL読む込みモードを増設、ただし以下の機能追加も行ったのでバグがあるかも
新しいCOLORSに対応(Ver.2.51) : Ver.2.48gにおいて、以前からの古いCOLORS対応部分を書き換えることで新しいCOLORSに対応していましたが、古いCOLORSの需要もあったため、宮本研内限定でした。今回新たにNewCOLORSという読み込みモードを作成して公開。
グラフモードの（セル）角度表示がうまく行っていなかったのを仮修正 : MXDTRICLなど計算セル角度の変化を視覚化できます。 Targetで取得した角度データの表示はまだできません。

新版RYUGA(Ver.3.00)

RYUGA Ver.3.00-90 source file set (tgz format)

RYUKI

Ver.1.33c source file set (tgz format)

主な特徴
・RYUGAとほぼ同等の視覚化解析機能
・構造の部分移動（元素郡、元素、分子、単原子）
・他の構造の導入
・表面構造の作成の簡素化
・RYUGAと同様の高い作動互換性

更新履歴
2004/11/26:Ver.1.33c

ChangeKindの表示異常を修正

使用方法について
基本的な操作方法はRYUGAと同じです。
・Mode-Loadで構造ファイルを読み込み、Mode-Saveで保存します

　ファイル書式モードを指定してください。読み込み時のファイル名指定はリスト中のファイル名を右クリックしてください。・回転、拡張、切断などはRYUGAと同様に行うことができます

　回転はマウスドラッグかSetting-Angle、拡張はSettingt-Extention、切断はSetting-Cuttingで設定できます。ただし、設定後にRET:Setを行っても、表示が変更されるだけで、データには反映されません。データに反映するには下記FixSetを行ってください。・構造の一部（元素グループ、元素、分子、原子）のみを移動・回転させることができます

・加工を確定するにはメインメニューの~:FixSetを選択してください

　いったんFixSetを行うと、やり直しができませんのでご注意ください。なお、FixSetの際は、表示の向きに注意してください。もし少しでも斜めから見ていた場合、それを回転加工ととらえ、画面垂直方向がｚ軸になるように加工されます。回転させたくない場合は必ずParsを１番にしてください（キーボードの「１」を押す）。

RYUDO

Ver.1.27i and tools source file set (tgz format)

Ver.1.27 Japanese Manual (pdf format)

主な特徴

・独自の設定ファイル形式による優れた応用性

・任意の元素に、一定方向に一定の大きさの力を計算中かけ続けることが可能 →　構造の機械的破壊過程のシミュレーションなど
・任意の元素を、一定方向に一定の速度で運動させ続けることが可能 →　せん断による構造変化の過程を観察する場合など
・任意の原子、分子を一定間隔で系内に発生させることが可能 →　表面の結晶成長のシミュレーションなど
・発生させた元素を一定時間後に消滅させる機能 →　表面への分子線照射などのシミュレーションなど
・Ｃ言語をコンパイルできる環境ならば、機種を問わず利用可能 → UNIX(IRIX、Linux、XonWindowsなど)、MS-Windows(DOS窓など)
・３体・４体ポテンシャル(SW、CVFFなど)を近接原子テーブルで高速処理

付属ツール

・rdset : 各種構造ファイルからset.rd (初期座標＆初期速度ファイル）を作成
・rdend : end.rd を set.rd に変換
・rdrho : 単斜晶セルを斜方晶セルに変換
・rdext : rstファイル（構造データ）をx,y,z方向に複製拡大
・rduni : 複数のrstファイルを一つに統合
・rdtxt : バイナリ形式の計算結果をテキスト形式に変換
・rdsum : 各履歴ファイルから各元素ごとの平均値を算出
・rdmov : end.rdから、各原子・元素ごとの移動量を算出
・rdmsp : file05.dat→def.rd、bondon.dat→bnd.rd変換
・rdcar : *.carおよび*.mdfから*.rstファイルを作成
・rd82t87 : 旧def.rdの変換（Ver.0.50-86→Ver.0.87以降）
・rdect : 拡張end.rd(RYUDOがVer.1.10a-1.12b時)を通常化
・rdsrf : バルクモデルから表面構造を作成(rst形式)
・rdrst : 構造ファイルの他形式からrst形式への変換
※各詳細は説明書第10章参照

更新履歴（概略）

2011/1/12(Ver.1.27a):自動削除機能にログ出力追加
2010/10/19(Ver.1.27):Out of Plane ポテンシャル変更
2010/6/19(Ver.1.26r):付属ツールに rdsrf, rdrst を追加、rdset変更
2009/11/18(Ver.1.26):自動削除機能変更（分子単位、座標維持）
2009/9/19(Ver.1.25):結合情報参照規則変更
2009/6/27(Ver.1.24n):64bitLinuxデバッグ、64bitLinuxでメモリ節約型４結合テーブルの原子数制限解除
2009/5/13(Ver.1.24c):近接原子非リスト化３・４体デバッグ
2009/5/7(Ver.1.24):end.rd仕様変更
2009/4/14(Ver.1.23):常時密度表示、非結合依存Ewald、LJ2ポテンシャル追加
2009/2/10(Ver.1.22):バッチ処理機能変更、pos2.rdデバッグ
2008/9/17(Ver.1.21a):FBT_MODE 2 デバッグ
2008/9/15(Ver.1.21):分子別MSD出力(val.rd内)追加、各種デバッグ（準固定、水平・垂直ポテンシャル、４結合テーブルmode2、pos2.rd出力）
2008/2/4(Ver.1.20):詳細バイナリ出力（pos2.rd, for2.rd, vel2.rd）追加、各種デバッグ（N^3およびN^4ループの欠陥原子対応、結合性４体ポテンシャル）
2008/1/15(Ver.1.19):N^3およびN^4ループ（近接原子テーブルを使用しない３・４対ポテンシャル）計算機能追加、Windows対応デバッグ
2007/11/4(Ver.1.18):結合数上限変更簡易化、外注計算機能
2007/4/13(Ver.1.17):計算終了までの予想時間表示
2007/2/15(Ver.1.16):原子出現機能を拡張・変更
2006/8/23(Ver.1.15) : 元素種数を大幅に増やしてもメモリをあまり浪費しないようにプログラム構造を変更
2006/7/7(Ver.1.14) : 初期座標読み込み時に周期境界条件修正を適用
2006/5/27(Ver.1.13) : end.rdの最終出力タイミングの修正、外部解析プログラム呼び出し機能の改良、既存計算のチェック方法の変更(end.rd->cnd.rd)
2006/5/8(Ver.1.12) : moveに加速上限値設定を追加、Gaussポテンシャルの修正、熱伝導計算の温度制御係数算出方法の修正
2006/4/19(Ver.1.11) : 表示方法別統計値出力機能idvalを追加、 val.rdのel-tempとel-msdをid-tempとid-msdに名称変更および各計算法の変更、 vel.rdなどにおけるmove原子の速度を設定値に変更、連続計算時のフラグ初期化プロセスの修正
2006/4/10(Ver.1.10) : 外部解析プログラム呼び出し機能、tvl.rdとtfr.rdの出力桁数UP
2006/4/7(Ver.1.09) : end.rdとtps.rdの出力桁数を増加。 axs.rd(軸長履歴)をpos.rdと同時出力。
2006/4/7(Ver.1.08) : 結合４原子以内の判定方法を３種類から選択できるように変更。
2005/12/9(Ver.1.07f) : def.rdのtetra部(Out of Plane)の読み込み不全を修正。従来の Out of Plane ポテンシャル (CVFF型'Plane')の名前を'CVFF'に変更。より単純化した面外角ポテンシャルを新たに'Plane'として実装。
2005/10/19(Ver.1.06h) : -fオプション（起動時にend.rdのチェックをしない）使用時の動作に異常があったのを修正。
2005/8/27(Ver.1.06f) : cnd.rdの表示でmoveの数値単位が間違っていたのを修正。２体ポテンシャルをテーブル化している際に、結合がcutoff以上に伸びてしまうとテーブル外を参照してしまっていたのを修正。
2005/6/4(Ver.1.06) : 強制移動(move)と外力(force)に増減機能を追加、 moveの制御／非制御設定方法を変更
2005/2/5(Ver.1.05) : 強制移動機能(move)でxyzの方向ごとに制御／非制御設定、 set.rdのbond部のバグを修正
2005/1/26(Ver.1.04) : set.rdで通し番号＆全結合情報可、３体Unitポテンシャル修正、LJe&LJk修正
2004/11/2(Ver.1.03) : Busigパラメーター単位修正
2004/11/2(Ver.1.02) : 結合情報チェック機能追加
2004/6/22(Ver.0.88) : 強制移動機能変更、継続計算機能修正
2004/6/9(Ver.0.87) : 結合性ポテンシャルの指定方法変更(def.rd新書式)
2004/5/29(Ver.0.86) : 制御用平均温度算出方法変更、SWポテンシャル修正
2004/4/6(Ver.0.83) : Angleポテンシャル追加
2004/4/2(Ver.0.82) : def.rd一部変更(msport,single,newfix,surface,plane)、旧def.rd/set.rd変換機能削除、分子線照射機能削除（appearとautodelで代用）、 parttempを熱伝導とHeatSoptに切り分け、テキスト出力機能常設、電場計算機能追加、部分圧力機能追加、自動削除機能全方対応、水平ポテンシャルを全方対応化
2004/?/?(Ver.0.79) : 自動削除機能仮設、parttempバグFix
2004/?/?(Ver.0.78) : parttemp変更
2004/?/?(Ver.0.77) : singleをnature番号からatom番号に変更
2004/?/?(Ver.0.76) : Ewald法vs周期境界条件の警告を追加
2003/?/?(Ver.0.75) : planeポテンシャルを追加
2003/8/30(Ver.0.74) : def.rdにsingle部新設(newfix移設、surfac新設)
2003/7/24(Ver.0.73) : numericポテンシャル追加
2003/7/16(Ver.0.72) : val.rdに２種類の温度出力を追加
2003/6/21(Ver.0.71) : end.rdにbond部を出力
2003/6/20(Ver.0.70) : set.rdにbond部を新設
2003/6/12(Ver.0.69) : newfix機能追加、各種バグFix
2003/6/5(Ver.0.68) : appearのRestart時バグ修正
- 省略 -
2000/1/26(Ver.0.49a) : 連続計算機能のBugFix
2000/1/14(Ver.0.49) : 強制移動と固定指定が同時にかからないバグを修正、 end.rd の書式を一部変更

RYUED

　行番号や桁番号が０から始まるという、Ｃプログラマー的こだわり仕様(^^;)。
　ただし、コンパイラが吐くエラー行番号は通常１からなので、かえってチェックしにくいと言う罠(^^;;;)。
　（ついでに言うと、RYUEDでは８０文字を越える行を２行とカウントするので、さらに注意が必要。）
　対応して欲しい処理系かあったら教えてください（Windowsは挫折中）

Ver.1.07 source file (tar format)

簡易説明

・コンパイル

・起動方法

RYUEDを起動するときは、引数に編集ファイル名を付けてください。新規ファイルの場合も何かファイル名を考えてください。・最大ファイルサイズ

デフォルトは16384行です。変更したい場合は、ryued.c内の定義を書き換えたり、起動時の-lオプションで指定してください（例「-l65536」＝65536行）。メモリ使用量にご注意ください。・画面幅

基本的に80桁固定です。 ryued.c内の定義を書き換えることで変更できますが、各種機能に障害が出る可能性がありますので、推奨しません。・画面高さ

デフォルトでは24行画面です。画面行数を変えたい場合は、起動時に-hオプションで指定してください（例「-h66」＝66行画面）。・編集操作

基本的にEmacsに近いです。カーソル、Backspace、Delete、などは専用キーがそのまま効きます。もし効かない場合は、お使いのウィンドウの設定が VT100互換であるか確認してください(UNIXの場合）。もしくは、環境に応じてryued.c内の定義を書き換えてください。・操作一覧（^はCtrl)

・コピー＆カット＆ペースト

まず Ctrl-Z で開始位置を指定してから、終了位置に移動し、コピー(Ctrl-Q)またはカット(Ctrl-W)してください。・行番号ジャンプ

Ctrl-Jとすると番号入力待ちになります。 RYUEDの行番号は０から始まりますのでご注意ください。・検索

Ctrl-S（またはCtrl-R）を押すと、キーワード待ちになります。検索したい文字列を入力して、もう一度Ctrl-S(R)を押してください（Enterキーでも可）。見つかった場所に自動的に移動し、通常の編集状態になります。次検索はCtrl-S(R)を２回押してください（キーワードを省略すると、前回のを再利用します）。・置換

置換は順方向のみです。Ctrl-X + Rで開始します。まず、検索文字列を入力し、次に置き換え文字列を入力してください。見つかった位置に自動的に移動し、置換するか聞いてきます。 yで置換して次へ、nで置換せず次へ、aで残り全部置換、ESCで中断です。・タブ字数

デフォルトでは半角スペース4文字になります。起動時に-tオプションで指定できます（例「-t8」＝８文字タブ）。・スペース飛ばし移動

カーソルの横移動では、連続するスペースをとばします。この機能はESC-KでOn/Offできます。または起動時に-sオプションでOffにできます。・スペース一括削除

Ctrl-X + DEL (または Ctrl-X + D)で、カーソル以降のスペースを一括削除できます。逆に、Ctrl-X + Backspace (または Ctrl-X + H)で、カーソル前のスペースを一括削除できます。・ファイル保存

・対応括弧検索

プログラミング時に便利なように、ESC-mで対応する括弧を検索できます。カーソルが括弧上にない場合は、下方向に閉じる括弧を検索します。・複数ファイル編集

途中で別のファイルを編集したくなった場合、 ESC-OまたはESC-Fで読み込みできます。ファイル名を聞いてきますので入力してください。読み込んだ後は、ESC-Lで切り替えることができます。最大１０ファイルまで扱えます。ただし、この複数ファイル機能は疑似的なもので、実際の編集バッファは一つしかありません。別ファイルを読み込む際、またはファイルを切り替える際、現在のファイルが編集後未保存だった場合、保存するか聞いてきますが、もし保存しなかった場合、編集結果が破棄されますのでご注意ください。・画面最下行表示

RYUEDのバージョンと対応文字コード、カーソル行番号／全行番号、カーソル桁位置、編集者アカウント名(UNIXのみ)、編集ファイル名が表示されます。ファイルが未加工の場合、行番号と桁位置の間はカンマ「,」、加工中未保存の場合はアスタリスク「*」になります。・日本語編集

完全対応ではありませんのでご注意ください。もし２バイト系文字が行にまたがると、２行目以降が文字化けします（表示だけですので、データ自体は大丈夫です）。・終了

Ctrl-X + C で編集中のファイルをクローズします。編集結果を保存していない場合は、保存するか聞いてきます(y/n)。ほかに編集しているファイルがなければ、自動的にRYUEDが終了します。また、保存・未保存に関係なく、Ctrl-Cで強制終了できます（一応確認が入ります）。

記

　上記プログラムは全てフリーソフトです。基本的に保障やサポートはありませんが、もし御不明の点があれば、電子メールでお問い合わせください。できる限り対応させていただきます。

　また、RYUGA、RYUKI、RYUDOについては、機能を拡張した製品版が販売されています。ご興味のある方は、私の所属する東北大学宮本研究室 (http://www.aki.che.tohoku.ac.jp) か、代理店の（株）菱化システム、ペガサスソフト（株）までお問い合わせください。

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